Kempes bắt đầu làm công tác huấn luyện khi ký hợp đồng với câu lạc bộ Pelita Jaya của Indonesia với tư cách huấn luyện viên kiêm cầu thủ năm 1996, và cũng có trận đấu cuối cùng trong sự nghiệp cầu thủ ở đây. Sau đó ông làm trợ lý huấn luyện cho Héctor Núñez (người Uruguay) tại Valencia. Kempes bắt đầu làm huấn luyện viên chính thức tại Albania, tại câu lạc bộ KS Lushnja. Thời gian này chỉ ngắn ngủi trong năm 1997, nhưng ông đã lập thành tích là huấn luyện viên nước ngoài đầu tiên ký hợp đồng với một cầu thủ nước ngoài trong lịch sử bóng đá Albania. Danh hiệu đầu tiên của Kempes với tư cách huấn luyện viên vào năm 1999 ở câu lạc bộ The Strongest (Bolivia), trước khi chuyển sang câu lạc bộ Bolivia khác là Independiente Petrolero. Hiện ông đang làm bình luận viên cho kênh thể thao ESPN.